顯微鏡的操作順序通常包括以下幾個步驟：
取鏡與安放。從鏡箱中取出顯微鏡，右手握住鏡臂，左手托住鏡座，輕輕放置在實驗台上，略偏左，距邊緣約7厘米。
對光。轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔，物鏡前端與載物台保持約2厘米的距離。選擇一個較大的光圈對準通光孔，左眼注視目鏡，右眼睜開，轉動反光鏡，直到看到明亮的視野。
安放切片。將要觀察的玻片標本放在載物台上，用壓片夾固定，確保標本正對通光孔的中心。
觀察。轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，眼睛從旁邊看著，直到物鏡接近玻片標本。左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像。若需要更清晰的圖像，可略微轉動細準焦螺旋。
收鏡。觀察完畢後，取下切片，轉動轉換器，使低倍物鏡或無物鏡的地方對準通光孔，下降鏡筒，接近載物台，反光鏡立放，整理並擦拭顯微鏡，放回鏡箱。