三代超絕的故事是圍繞著三代火影展開的，講述了他們之間的師生情、兄弟情和忍者世界的故事。
在故事中，鳴人是四代目火影波風水門和二代火影千手扉間的兒子，作為傳說中的“預言之子”，鳴人的出現打破了第四次忍界大戰雙方持平的僵持局面，成為打破戰局的關鍵力量。鳴人的老師是木葉三忍之一的名人火影猿飛日斬，他的父親波風水門曾經也是他的老師。因此，三代火影猿飛日斬對於鳴人來說既是師也是父，這種關係讓他成為了木葉三忍中最特殊的一個。
另一方面，佐助和鳴人是兄弟，他們擁有共同的父母和血繼限界，但因為家族紛爭和誤會，他們之間曾經產生了隔閡。在故事中，佐助和鳴人經歷了許多磨難和考驗，最終他們克服了困難，重新建立了兄弟情誼。
此外，故事中還涉及到了忍者世界的各種陰謀和鬥爭，包括五大國之間的紛爭、各種勢力的角逐、忍者家族的恩怨等等。三代火影作為一位老練的忍者，在故事中發揮了重要作用，他為維護世界和平、守護木葉村做出了巨大貢獻。
總之，三代超絕的故事是一部感人至深的忍者傳奇，講述了三代火影和鳴人、佐助等人的成長曆程和情感糾葛，展現了忍者世界的種種矛盾和英雄的擔當。