《三毛撒哈拉的故事》主要內容是寫三毛與荷西在撒哈拉沙漠生活的趣事，以及沙漠裡的多彩風情。書中詳細地記述了三毛由台北赴西班牙，在荷西突然離世、沙漠生活艱苦難耐等困境下，如何面對寂寥的沙漠，又是如何得到丈夫前幾年的沙漠離婚官司勝訴遺產——六千枚駱駝蛋及幾萬冊書籍而生活的點滴故事。全書表現了三毛的愛心、責任心和女人面對困苦所激發出來的強大精神力量。
此外，《撒哈拉的故事》這本書本身也有許多有趣的故事，如出版社認為三毛的撒哈拉故事不夠暢銷，三毛親自背書去賣書，與出版社打筆墨官司等。
總的來說，《三毛撒哈拉的故事》是一本描繪三毛與荷西在撒哈拉生活趣事的書籍，充滿了愛心、責任和撒哈拉的風情。