內共生學說是一種關於真核細胞起源和細胞器演化的理論。
內共生學說認爲真核細胞中的線粒體和葉綠體來源於其吞噬的細菌和藍藻。具體來說，原始真核細胞（可能是古核生物）吞噬了好氧細菌（可能是α-變形細菌）和藍藻，這些被吞噬的生物並未被消化，而是與宿主細胞形成了共生關係，最終通過長期的共生關係和演化過程，這些被吞噬的生物逐漸轉變爲線粒體和葉綠體。
該學說提供了對線粒體和葉綠體起源的合理解釋，並且得到了廣泛的生物學研究證據的支持。例如，線粒體和葉綠體的基因組、遺傳信息傳遞和表達系統，以及它們的蛋白質合成機制都與細菌極爲相似。此外，內共生現象不僅發生了一次，而是反覆多次發生，形成了複雜的多重內共生現象。