原子是化學變化中的最小單位，而分子則是由兩個或兩個以上的原子按照一定的次序和排列方式結合而成的基本單位。它們都是構成物質的基本粒子，有以下關鍵點：
分子。它們是保持物質化學性質的最小粒子，可以在化學反應中分解為原子，其由原子組成，通過化學鍵或分子間作用力相結合。例如，水分子由兩個氫原子和一個氧原子組成。
原子。它們是化學反應中不可再分的基本微粒，其通過核外電子的排列來表現元素的特性。例如，所有由氫原子組成的物質都表現出氫的特性。
化學變化中的角色。在化學變化中，分子會發生改變，但原子本身不會變化，原子可以結合成分子，也可以在化學反應中分離。
電性和結構。分子和原子都不顯電性，分子由原子組成，原子由位於中心的原子核和核外電子組成，原子核包括質子和中子，其中質子帶正電，中子不帶電，電子帶負電，質子數等於電子數，因此原子整體呈電中性。
運動和間隔。它們都在不停地運動，彼此之間有間隔。
簡而言之，分子是構成物質並保持其化學性質的基本單位，由兩個或多個原子組成；而原子是化學反應中的最小單位，不可再分的微粒。