自然村和行政村的主要區別在於它們的形成方式、管理方式以及所承擔的功能。
自然村通常是由村民在某處自然環境中長時間聚居而自然形成的村落，這些村落可能基於地理條件、生活方式等因素形成，一般規模較小，可能只有一個姓氏，是同一個祖宗的子孫後代，有相同的血緣關係。自然村是農民日常生活和交往的單位，但不是一個社會管理單位。
行政村則是政府為了便於管理，根據《中華人民共和國村民委員會組織法》設立的村民委員會進行村民自治的管理範圍，是鄉級政府管理的一個村級行政單位。行政村一般由一個大一些或幾個小一些的自然村組成，這些自然村各有各的名字，但他們受一個領導班子領導，主要領導是村黨(總)支部書記、村委會主任。行政村的管理實行的是村民自主管理，權利在於村民委員會。