仙人掌的根系主要特點是鬚根系，沒有明顯的主根，側根較多且細長。這些側根可以深入地下吸收水分，幫助仙人掌在乾旱的沙漠環境中生存。此外，仙人掌的根系具有很強的伸展能力，有的品種甚至可以伸展到30米遠。仙人掌的根系還可以防止風沙的侵襲，固定植物本身，避免被風吹倒。
此外，仙人掌的根系覆蓋面積範圍非常之大，用以在下大雨時能吸收最多的雨水。當土壤乾燥時，細側根通常死亡，而較大的根轉為被軟木栓層（皮層）覆蓋。主根皮層下的根原始體在土壤回濕後迅速生長，增加水及礦物之吸收能力。
有些品種的仙人掌具有膨大的塊根，這些塊根可以儲存水分和養分，幫助植物在乾旱的環境中生存。仙人掌的根群分布較淺，通常在15~30 cm的土層內，但某些樹狀仙人掌的根群可以分布到30cm以內。