《使命召喚黑色行動3》的故事發生在《黑色行動2》的續作中，主要講述了2025年的世界，一個神秘組織試圖通過全球恐怖攻擊引發全球範圍內的混亂，而玩家扮演的是一位來自美國海軍陸戰隊的精英士兵，與其他反恐精英組織合作，對抗這個神秘組織的故事。遊戲中還包括了一系列副故事線，例如主人公與其他隊友之間的團隊故事，以及他們在執行任務時的經歷和成長。同時，遊戲還提供了一種時間穿越的元素，讓玩家可以選擇不同的決策路線，從而影響整個故事的發展。總的來說，《使命召喚黑色行動3》是一個結合了科幻元素、反恐戰爭、時間穿越和團隊合作的複雜故事，帶給玩家一個緊張刺激的未來戰爭世界。