侑子消失的原因是多方面的，主要包括：
次元世界的改變和崩潰：小狼和小櫻的消失導致原有的規則和次元世界開始變化，時間開始流動，侑子所在的次元也受到了波及。這種變化使得侑子在四月一日面前消失了。
保護四月一日和店：在消失之前，侑子用盡了她最後的力量，保護了店和四月一日，並實現了小狼和小櫻的願望，讓他們重生為真正的人類。這一行為不僅體現了她的犧牲精神，也展示了她的責任感和對四月一日的深厚情感。
時間的靜止：為了等待侑子的歸來，四月一日決定不再上學，以不能踏出店外為代價，使自己的時間不流動，不會變老。他一直在店裡為人們實現願望，也學會了許多法術，成為了一個真正的店主。這種時間的靜止狀態，使得四月一日能夠繼續感受到侑子的存在，儘管許多人已經忘記了她。
意念的力量：侑子的存在本應導致她的死亡，但一個強大的魔法意念阻止了這一命運。這個意念不僅讓她得以存活，還對她所在的世界產生了深遠的影響。她的消失，或者說回到正確的世界線，仍然給混亂的世界線留下了影響，四月一日繼續受到她的影響。
綜上所述，侑子的消失是由於次元世界的改變、她對四月一日和店的保護、時間的靜止以及意念的力量等多重因素共同作用的結果。