電影《偉大的隱秘者》的結局是，男主角似乎死了。他在北韓的特殊部隊五星組擔任第三任組長，為了保護母親的安全，接受了潛入南韓的任務。在南韓，他以一個連小孩都能欺負的、穿著綠色運動服拖鞋的傻子的形象出現，但實際上他是一個能力非凡的人。他的真實身份是狙擊之王，但在南韓，他選擇隱藏自己的真實能力，以傻子的形象生活。
影片中，男主角的母親是他的重要支撐，除非母親去世，否則他不可能背叛北韓。然而，在一次任務中，他得知母親已經去世，這成為了一個重要的轉折點。男主角面臨的選擇是繼續作為間諜為北韓服務，還是背叛組織，成為雙面間諜。此外，他還面臨著是否要殺光所有人，為自己而活，或者選擇以死謝國的決定。
影片的結局並沒有明確揭示男主角的生死，但導演似乎沒有讓他死亡。男主角在逃亡過程中，海真在樓頂告訴他大廈里有很多出口，可以掩護他逃走。這表明男主角有機會逃脫，但需要設計一個真正死亡的場景。影片中也沒有直接展示男主角從高處摔落的場景，而是通過一些細節暗示他可能通過其他方式逃脫。
綜上所述，男主角在電影《偉大的隱秘者》的結局中面臨了生與死的抉擇，但影片並沒有明確揭示他的生死，而是留下了一個懸念。