如果員工認為公司的不合理扣款，首先應該了解公司的規定和制度，查看是否有明確的扣款條款和標準。如果有疑問，可以向同事、領導或人事部門諮詢，確保自己的權益不受誤解的影響。
在發現扣款不合理後，應與公司相關部門溝通，表達自己的情況並爭取合法權益。溝通過程中，保持態度平和，有理有據地表達觀點和訴求。
如果溝通無效，員工需要保留相關證據，如扣款通知、工資條、勞動契約等，以便通過勞動仲裁或訴訟等方式維護自己的權益。
員工也可以先向公司內部申訴，表示公司的行為並不合理。如果公司拒絕改正，可以向當地的勞動監察大隊投訴。如果被扣的金額較大，可以直接去當地的勞動仲裁委申請勞動仲裁，要求返還剋扣的工資。
需要注意的是，我國法律禁止用人單位剋扣勞動者工資，除非是代扣，如繳稅、繳納社保，或法院判決勞動者支付的費用等。除此之外，用人單位不得剋扣勞動者工資。如果公司按照章程扣工資，但章程違反法律法規或侵害勞動者權益，勞動者可以提出離職並要求經濟補償。