公司查賬流程通常包括以下幾個方面：
檢查收支流水。對公司的收入和支出流水進行詳細核查，核對是否有異常情況，並及時進行核實和調整。
審核財務資料。梳理和審核公司的票據、憑證等財務資料，確保這些資料的真實性、合法性、完整性和準確性。
對銀行賬戶進行查對和對賬。核對公司的銀行賬戶，確保賬戶餘額與實際資金流動相符合。
查對和統計資產。對公司固定資產、存貨等資產進行查對和統計，以保證資產的真實性和完整性。
專項檢查財務制度。對公司的財務制度、內部控制、制度執行情況進行專項檢查，以發現潛在的制度缺陷和風險。
通過會計賬面資料查賬。通過會計憑證、賬本、會計報表等資料檢查企業經濟業務記錄的真實性、準確性和完整性。
分析經濟活動。利用會計資料對查賬期的經濟活動和經濟效益進行分析，通過比較分析法、因素分析法等方法發現問題並查明原因。
抽查法。在查賬過程中，根據查賬人員的經驗有選擇地進行查賬，包括判斷抽查法和統計抽查法。
此外，查賬流程還包括對企業的概況了解，調閱財務報表，與企業人員交談了解生產、經營、核算狀況，以及從財會人員設定和賬頁裝訂中尋找線索。