簡併引物是一種特殊的PCR引物，它們代表編碼單個胺基酸的所有不同鹼基序列可能性。這種引物設計考慮到了密碼子的簡併性，即同一個胺基酸可能由不同的三聯體密碼子編碼。簡併引物的設計目的是通過提供一系列可能的鹼基序列，增加PCR擴增的特異性，尤其是在目標序列與模板DNA之間存在不完美匹配時。
在設計和使用簡併引物時，有幾個關鍵點需要注意：
簡併度：簡併度越低，產物特異性越強。因此，在設計引物時，應儘量選擇簡併性小的胺基酸，並避免引物3』末端簡併。
密碼子使用表：為了提高特異性，可以參考密碼子使用表，並根據不同生物的鹼基使用偏好來減少簡併性。
混合物：簡併引物是一組混合物，其中每個成員都具有不同的鹼基組成，但鹼基的總數量保持不變。這種設計確保了至少有一種引物能夠與目標基因的DNA序列精確互補。
通過上述方法，簡併引物可以在PCR擴增中提供更高的特異性和準確性，尤其是在處理那些具有高度簡併密碼子的胺基酸時。