《刺客信條2》的故事背景發生在15世紀的義大利，主要講述了刺客兄弟會創始人之間的事跡。遊戲的主角是一位名叫艾吉奧的貴族青年，他的父親是當時統治威尼斯的統治者，但他的家族因政治權力之爭而衰落。在這個背景下，艾吉奧從一名並不熱衷於刺客事業的普通人逐漸成長為一位出色的刺客大師。此外，遊戲還涉及到基督教與伊斯蘭教之間的衝突，以及宗教與政治權力對個人信仰和行為的影響。艾吉奧與多個刺客和目標關聯，在道德困境中做出了許多抉擇，而每個選擇都會對遊戲的情節產生重大影響。最終，他與敵人聖殿騎士展開了殊死搏鬥，成功保衛了義大利免受衝突與不公的侵害。