劍魚和旗魚的主要區別在於它們的體型、背鰭、生態習性和食物來源。具體如下：
體型。劍魚的體型通常更大，體長可達3到5米，重量可達650公斤；旗魚相對較小，體長很少超過3米，體重很少超過90公斤。
背鰭。劍魚的背鰭較小，呈三角形；旗魚的背鰭較高大，形似帆或旗幟，有助於高速游泳和捕食。
生態習性。劍魚偏好近海區域，以中上層水域的魚類爲食；旗魚則主要生活在深海，以高速游泳來捕捉獵物。
食物來源。劍魚的食物包括頭足類動物、甲殼類動物和金槍魚等；旗魚主要以魚類爲食，也會捕食甲殼類動物。
科目歸屬。劍魚和旗魚都屬於硬骨魚綱和鱸形目，但它們分屬不同的科：劍魚屬於劍魚科，而旗魚屬於旗魚科。
綜上所述，劍魚和旗魚雖然在某些外觀特徵上相似，但在體型、生態習性、食物來源以及科目歸屬等方面有着明顯的區別。