南京三日游的推薦行程如下：
第一天。從南京博物院開始，了解南京的歷史文化，然後前往科巷體驗老南京的市井生活。午餐後，參觀雞鳴寺，感受佛教文化的莊嚴與寧靜。接著登上明城牆，俯瞰南京城的壯麗景色，最後在玄武湖公園結束一天的旅程，享受湖光山色的美景。
第二天。先遊覽新街口，南京的商業中心，然後前往大報恩寺，體驗佛教的莊嚴與神秘。下午參觀瞻園，領略江南園林的精緻和秀美。晚上遊覽夫子廟和秦淮河風光帶，體驗老南京的韻味和文化氛圍。
第三天。前往中山陵，感受孫中山先生的革命精神，然後遊覽明孝陵，領略明朝皇家的輝煌與榮耀。午餐後前往音樂台和靈谷寺，感受南京的寧靜與祥和。
在南京旅遊時，請注意以下幾點：
南京捷運出行非常方便，是遊覽景點的主要交通方式。
南京菜口味偏甜，如果不習慣，可以選擇一些辣菜。
很多景點需要提前預約，而且周一可能閉館，所以要提前規劃好行程。
在景區請不要吃東西或喝東西，違反規定可能會被罰款。
以上攻略能幫助您充分體驗南京的獨特魅力和豐富的歷史文化。