南京二日游最佳攻略自由行可以按照以下路線進行：
第一天：
鐘山風景區：包括中山陵、美齡宮、明孝陵和音樂台，這裡是南京必來的景區，可以提前預約中山陵的門票。
太平天國歷史陳列館：門票30元，可以了解太平天國歷史。
中華門：南京明城牆十三座明代京城城門之一，具有極高的歷史價值和建築價值。
南京城牆博物館：免費預約，可以了解南京城牆的歷史。
大報恩寺：中國歷史上最為悠久的佛教寺廟，明成祖朱棣為紀念明太祖朱元璋和馬皇後而建。
老門東：南京傳統民居聚集地，這裡風景一般，但是小吃非常多。
第二天：
橋北濱江生態公園：看日出，這裡人非常少，可以享受寧靜的早晨。
鼓樓公園：始建於明代洪武十五年，紅牆青瓦，矗立在城市之中。
玄武湖公園：中國古代最大的皇家湖泊園林，也是江南皇家林園，擁有1500多年的歷史。
雞鳴寺：緊挨著玄武湖，南朝四百八十寺之首，1700年歷史。
南京博物院：了解南京歷史文化，觀賞各類珍貴文物。
以上路線可以根據個人興趣和時間進行調整。南京的美食也不容錯過，如鴨血冬粉湯、鹽水鴨等。在遊玩過程中，可以選擇乘坐觀光車遊覽秦淮河夫子廟，體驗江南水鄉的風情。