南京是一座歷史悠久的城市，擁有眾多的旅遊景點。根據您的需求，這裡為您提供一個三天的自由行攻略。
第一天：古雞鳴寺、玄武湖、明城牆、新街口、先鋒書店、老門東、夫子廟、秦淮河
上午：從南京南站出發，首先前往古雞鳴寺，這裡可以免費領三支香，門票10元。之後，前往玄武湖，玄武湖免費開放，春天時景色尤為美麗。
中午：在湖邊餐廳享用午餐。
下午：前往明城牆，需要購買門票，門票10元，可以站在城牆上俯瞰南京的美景。然後前往新街口，這裡是南京的商業中心。接著到先鋒書店，這裡被稱為中國最美書店，非常適合拍照打卡。
晚上：前往老門東和夫子廟，這兩個地方充滿了南京的夜生活氣息，尤其是夫子廟，秦淮河夜景更是不可錯過。可以乘坐遊船夜遊秦淮河，體驗南京的獨特魅力。
第二天：鐘山風景區、南京博物院
上午：前往鐘山風景區，包括中山陵和音樂台，中山陵免費但需要提前預約。音樂台有鴿子飛翔的場景，非常適合拍照。
下午：參觀南京博物院，這裡免費開放，但需要提前一周預約。
第三天：南京大屠殺遇難者同胞紀念館、科巷
上午：前往南京大屠殺遇難者同胞紀念館，需要提前預約，是一個非常嚴肅且重要的參觀地點。
下午：到科巷和老門東，這兩個地方匯聚了各種網紅和小吃，是品嘗南京美食的好去處。
以上行程既包括了南京的歷史文化景點，也涵蓋了自然風光和美食體驗，相信能為您的南京之行提供豐富的選擇。在您的旅行中，不妨嘗試一些當地的美食，如鴨血冬粉湯、鹽水鴨等，這些都是南京獨有的美味。祝您在南京有一個愉快且有意義的旅行體驗！