新疆的南疆和北疆在地理位置、氣候、地理環境、物產資源、人文環境等方面存在顯著差異：
地理位置。南疆位於新疆東南部，與西藏、青海、甘肅等省區接壤；北疆位於新疆西北部，與內蒙古、寧夏等省區接壤。
氣候。南疆的氣候以溫帶大陸性乾旱氣候爲主，晝夜溫差大，夏季炎熱，冬季寒冷，降水較少；北疆的氣候則以溫帶大陸性乾旱氣候和溫帶大陸性半溼潤氣候爲主，冬夏溫差較大，夏季溫暖溼潤，冬季寒冷，降水較南疆豐富。
地理環境。南疆地形以高原和沙漠爲主，海拔一般在1000~1500米之間，著名的地理特徵包括雅丹地貌、沙漠和綠洲；北疆地形多樣，包括山地、平原、沙漠和綠洲，著名的天山山脈橫貫其中。
物產資源。南疆以棉花、油料、甜菜等農作物爲主，還盛產杏子、核桃、紅棗等水果和乾果，以及豐富的礦產資源如煤炭、石油、天然氣等；北疆則以小麥、玉米、高粱等農作物爲主，盛產馬鈴薯、甜菜、向日葵等經濟作物，以及豐富的草原資源和畜牧業產品，還有鐵礦、銅礦、金礦等礦產資源。
人文環境。南疆以維吾爾族爲主，是中國少數民族聚居區之一，傳統文化和風俗習慣與北疆有所不同；北疆以漢族爲主，是中國漢族的主要聚居區之一，其傳統文化和風俗習慣也與南疆有所不同。
這些差異使得南疆和北疆在自然景觀、旅遊資源、經濟發展等方面各有特色。