印度鼠疫的原因主要可以歸結為以下幾個方面：
環境衛生狀況差：蘇拉特市是印度最髒的城市，貧民窟、集市、街頭巷尾垃圾成堆，臭味熏天。這些骯髒的環境為老鼠提供了繁衍滋生的溫床，成為鼠疫病菌攜帶者。
鼠疫病菌攜帶者：老鼠經常出沒於下水道、垃圾堆等帶菌場所，是鼠疫的媒介和宿主。在衛生條件差的地方，這些攜帶者很容易將病菌傳播給人類，導致疾病的流行。
醫療資源缺乏：由於戰爭的需要，大量醫護人員被派到一戰的前線，印度國內極度缺乏醫療資源。這使得在鼠疫爆發時，印度無法有效地控制疫情的蔓延。
饑荒和社會動盪：第二波疫情恰好碰到了乾旱導致的糧食減產，饑荒使得大量人群出現營養不良。同時，由於戰爭的需要，印度反而出口糧食，進口糧食的國際貿易難以開展，這使得糧食不足的問題雪上加霜。饑荒又迫使大量的農村人口進入城市求生存，而城市並不能向他們提供最基本的生存條件，反而更有利於病毒傳播。這使得大量的窮苦百姓沒有辦法通過自身的免疫力來對抗病毒，面對病毒的進攻更加脆弱，只能仍由病毒肆虐。
殖民政府的不作為：殖民政府的不作為和冷漠也是重要原因。一方面由於戰爭需要，殖民政府不希望加劇恐慌，另一方面，作為一個外來者，殖民政府在處理疫情時可能存在尷尬，這都影響了疫情的有效控制。