去除水中的水黴菌，可以採取以下幾種方法：
升溫。將水溫升至30至32度，以抑制黴菌的生長。
光照。加強日照或使用殺菌燈，每天照射幾小時，可以殺滅水中的黴菌和孢子。
使用化學物質。如在水中加入甲基藍或孔雀石綠等，可以有效地殺滅水體中的各種菌類。
提高水質鹽度。鹽度超過8‰時，水霉的發病率會大幅下降。
科學投餌和清理。定期清除過多的魚類殘餌、糞便等污染物，保持水質清澈。
使用消毒劑。如複合碘溶液等，可以用於外用的處理。
增強魚體體質。使用增強魚體免疫力的產品，如內服應激寧、優腸樂等。
此外，還可以使用紫外線殺菌設備，通過水循環淨化系統去除魚池異味和污染物，從而防治水霉病的發生。重要的是，預防措施比治療更為重要，應儘量避免魚體受傷，並在魚苗下塘前或下塘後進行預防性處理。