咖啡鼠（也稱爲咖啡鼠毛足鼠）的性別可以通過以下方法進行區分：
觀察生殖器官。將咖啡鼠輕輕抱起，使其背部朝上，觀察尾部附近的生殖器官。雄性咖啡鼠的生殖器官（陰莖）與肛門之間的距離較遠，而雌性咖啡鼠的生殖器官（陰道）與肛門之間的距離較近。此外，雄性咖啡鼠的睾丸位於尾部兩側，形狀較大，容易觀察到。
查看乳頭。雌性咖啡鼠具有乳頭，而雄性咖啡鼠沒有。乳頭位於腹部兩側，沿着身體排列。不過，年幼的雌性咖啡鼠乳頭可能不明顯，較難觀察到。
觀察體型和體重。雄性咖啡鼠通常體型較大，體重較重。然而，這種方法並不絕對準確，因爲不同品種和個體之間的差異可能導致誤判。
聞氣味。雌性咖啡鼠通常比雄性咖啡鼠散發出更濃烈的氣味，這是因爲它們的生殖器官。通過氣味可以區分雌雄。
觀察毛髮差異。雄性咖啡鼠通常比雌性咖啡鼠的毛髮更多，所以它們的毛髮更加濃密。
觀察香腺。公咖啡鼠的香腺（位於腹部正中央，形狀類似肚臍）通常比母咖啡鼠的香腺更加明顯。
觀察臀部形狀。公咖啡鼠的臀部通常比較圓潤且豐滿，而母咖啡鼠的臀部形狀通常呈倒三角形。