多聚甲醛（PFA）固定組織的原理主要基於以下兩點：
多聚甲醛能夠與細胞內的氨基基團發生化學交聯，形成網狀結構。這種交聯作用能夠在一定時間內將細胞內的蛋白質固定在特定位置。
多聚甲醛易溶於脂類物質，因為細胞膜擁有磷脂雙分子層。這種溶解作用有助於多聚甲醛滲透到細胞內部並與之發生反應。
此外，多聚甲醛固定還可能帶來一些副作用，例如，甲醛與蛋白質的氨基反應後，可能形成羧甲基，這可能導致抗原決定簇的三維構象出現空間障礙，或者分子間交聯形成的格線結構可能掩蓋某些抗原決定簇，使得它們不能充分暴露，這在進行免疫組化染色時需要注意。