太空戰士4的故事主要圍繞太空戰士團的英雄們為了拯救宇宙免於毀滅的危機展開。這一危機來自於被解散的邪惡團體復活，他們再次尋找征服宇宙的方法。當他們發現了一個將毀滅宇宙的巨大危險，他們需要尋找武器和戰士，重建戰士團來抵禦這一切危險。
他們面對著包括被解散的惡魔軍團和一眾小行星難關的挑戰，英雄們成功重建戰士團並進入黑暗空間，去尋找一種神秘能量石，能夠擊敗復活的其他角色。在過程中他們也找到了強大的幫手，一起經過激烈的斗爭，最終成功地解決了宇宙的危險，讓宇宙重新回歸和平。
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