去除黑毛藻的方法有多種，可以根據實際情況選擇合適的方法：
生物處理法。可以放入一些喫黑毛藻的生物，如飛狐、黑客蝦、黑殼蝦、清道夫、小精靈魚等。
手動清除法。定期更換水，用刮藻工具清除魚缸壁、裝飾擺件、過濾器上的黑毛藻，這種方法適用於較硬的物體，但對水草可能造成傷害。
藥物處理法。在魚缸內使用對活體影響較小的除藻劑，或將魚缸外的黑毛藻浸泡在藥物溶液中，但這種方法可能對水草和魚類有害。
改善水質法。通過減光、停肥、加強過濾和規律換水來改善水質，從而減少黑毛藻的生長條件。
紫外線殺菌燈。使用紫外線殺菌燈可以殺滅絕大部分的藻類孢子，但可能對其他動植物產生傷害。
定期添加二氧化碳。通過增加水中的二氧化碳含量，可以抑制黑毛藻的生長。
調整水質。通過調整水質，如降低硬度和酸鹼度，來抑制黑毛藻的生長。
選擇合適的方法時，需考慮魚缸的環境、魚類和其他生物的承受能力，以及操作的安全性。