防治面源污染的措施主要包括：
科學施肥。採用測土配方施肥，根據土地、農作物情況和專業人員提供的配方決定施肥方法和數量，結合化肥深施、有機肥及無機肥配施等技術提高肥效。
規範農藥使用。建立安全用藥制度，禁止使用高毒、高殘留農藥，使用高效低毒、低殘留農藥，嚴格按照說明書要求使用，並採取物理措施如光、電、微波等控制病蟲害。
廢棄物循環利用。發展循環農業，有效利用秸稈、畜禽糞便等廢棄物，實現秸稈綜合利用，使用可降解農膜材料，回收處置農田薄膜。
嚴格控制畜禽養殖污染。推行生態養殖模式，對畜禽糞便實行綜合利用，減少養殖規模，設立禁養區、限養區，實施排污許可制度。
加強無害化處理污染物力度。在農村推行可再生能源如沼氣，加快沼氣發電、垃圾焚燒發電工程建設，建設污水和垃圾處理設施。
重視農村飲用水源保護。加強飲用水源地規劃建設，制定保護措施，加強管理。
最佳化農村生產生活環境。通過最佳化政策扶持、工作重點和重點流域治理，推動農業面源污染綜合治理，構建種養結合、農牧循環發展機制。