陰莖疼痛可能由多種原因引起，常見的原因包括：
包皮龜頭炎。包皮過長的男性可能因為包皮內板與陰莖頭的炎症而感到疼痛，這種情況通常伴有包皮紅腫和排尿時的灼熱感。
包莖。包皮口狹小導致包皮不能上翻露出陰莖頭，可能引起劇烈的陰莖疼痛，包莖需要及時治療，以免造成嚴重後果。
前列腺炎。前列腺炎是一種常見的男科疾病，可能引起盆腔及陰莖的放射痛。
精囊炎。精囊炎通常伴有血精症狀，可能引起陰莖疼痛。
睪丸炎。睪丸炎可能導致睪丸和陰莖的放射性疼痛。
性行為過頻。過度的性行為如性生活或手淫可能導致陰莖勞損，引起疼痛。
性傳播疾病。如淋菌性或非淋菌性尿道炎等性傳播疾病，可能引起陰莖和尿道疼痛。
外傷。例如騎跨傷、跌倒或性生活時的過度暴力，可能導致陰莖輕度軟組織挫傷。
生殖器皰疹病毒感染。生殖器皰疹可能導致生殖器疼痛，特別是在病毒破裂後形成局部糜爛面時。
此外，陰莖疼痛的原因還有陰莖海綿體硬結症等。建議根據具體症狀進行專業醫學檢查和診斷，以便及時採取正確的治療措施。