工程違約金的計算方式主要取決於合同中的約定。以下是違約金的計算方式：
如果合同中有明確的違約金條款，那麼違約金的數額應按照合同中的約定來計算。
如果合同中沒有明確的違約金條款，那麼違約金的數額需要根據違約造成的實際損失來確定。
根據《中華人民共和國民法典》第五百八十五條的規定，違約金的數額不得超過實際損失的30%。如果約定的違約金低於造成的損失，人民法院或仲裁機構可以根據當事人的請求予以增加；如果約定的違約金過分高於造成的損失，人民法院或仲裁機構也可以根據當事人的請求予以適當減少。
此外，如果當事人就遲延履行約定了違約金，違約方在支付違約金後，還應當履行債務。以上是法律方面的有關規定，如果您遇到相關問題或想獲得更專業的建議，可以諮詢律師。