微型水泵的工作原理主要基於電機的圓周運動，通過機械裝置使泵內部的隔膜進行往復式運動，從而對泵腔內的空氣進行壓縮或拉伸，形成真空或正壓。具體來說，當電機運轉時，它會帶動泵內部的機械裝置，如偏心輪或葉輪，這些裝置的往復運動或旋轉運動進一步驅動泵內部的隔膜或葉片進行相應的動作。
在這個過程中，泵腔內的空氣被壓縮或拉伸，從而在泵的抽氣口和排氣口之間形成壓力差。在壓力差的作用下，外界的液體（如水）被吸入泵體並被推向排水口，從而實現液體的輸送。這種設計使得微型水泵能夠在沒有外部引水的情況下自吸液體，適用於多種場合，如醫療、化工、環保等領域。