《新還珠格格》的大結局中，主要角色的命運如下：
紫薇和爾康：紫薇與爾康結婚後，兩人一起回憶過去，展開了一段深情的告白。
小燕子和永琪：小燕子和永琪沒有舉行婚禮，永琪為了尋找小燕子，帶著兒子綿憶離開，最後兩人在花海中擁吻。
班傑明：班傑明在劇終選擇獨自一人策馬離去，與簫劍等人告別。
其他角色：柳紅和高明沒有得到好的結局，含香和麥爾丹在劇中的逃亡剛開始就殺青了。
該劇的結局展現了角色的成長、離別和愛情的選擇，其中友情線和親情線的處理讓許多觀眾感到感動。儘管結局中有些角色選擇了獨自離去，但這也反映了成長總是伴隨著離別的主題。