忍者神龜的外觀描述如下：
體型：中等體型，成龜的重量在1kg左右，背甲的長度可達到68厘米左右。
頭部：頭部大小中等，顏色為黑褐色，頭頂以及側面夾雜一些淡黃色或者橘紅色的斑紋，喙呈流線型，眼睛較大。
背甲：背甲的長度可達到68厘米左右，呈橢圓形，頂部微微隆起，中央有一條嵴棱，幼龜背甲的顏色為淡橄欖色，而成龜的背甲顏色較深。
腹甲：腹甲的顏色為淡黃色，腹甲前端呈半圓形，一般會比後半部大。
四肢：四肢的顏色為灰褐色，後肢邊緣有3枚大鱗片，腳趾間有蹼，前肢為5爪，後肢為4爪。
尾巴：尾巴較短，顏色為灰褐色。
以上描述主要基於黃頭側頸龜的特徵。然而，忍者神龜的原型有兩種說法，一種認為原型是黃頭側頸龜，另一種認為原型是巴西龜。在忍者神龜大電影中，它們幼時的形象就是四隻可愛的巴西龜。