扣除率是一個比例，用於計算增值稅中的法定扣除項目金額與產品課稅金額之間的關係。在增值稅的計征中，扣除率用於計算進項稅額。例如，對於小規模納稅人按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅時，如果取得增值稅專用發票，那麼進項稅額的計算方式是增值稅專用發票上註明的金額乘以11%的扣除率。同樣，對於農產品銷售發票或收購發票，進項稅額的計算方式是農產品買價乘以11%的扣除率。
根據財政部和國家稅務總局發布的《關於簡併增值稅稅率有關政策的通知》，增值稅稅率在簡併後分為11%、6%和17%三檔，其中11%的稅率適用於農產品（含糧食）、自來水、暖氣等貨物。對於納稅人購進農產品時，如果取得一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書，進項稅額為增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額。如果是從小規模納稅人取得增值稅專用發票，或者取得農產品銷售發票或收購發票，進項稅額的計算方式是發票上註明的金額乘以11%的扣除率。