製作新疆烤羊肉串的醃料配方可以參考以下幾種方法：
基礎醃料。羊肉500克、芝痲50克、胡椒粉5克、洋蔥末25克、雞蛋1個、麵粉15克、辣椒粉少許。將羊肉切塊放入盆中，加入芝痲、胡椒粉、孜然、小茴香、洋蔥末、花椒粉、雞蛋、麵粉和味素，揉搓拌勻後醃漬2小時。
辣椒麵撒料。辣椒麵500克、鹽粉25克。將兩者混合均勻後使用。
羊肉串大料粉。桂皮、良姜、丁香等。將這些香料製成粉末狀後與其它醃料混合。
簡易醃製法。用清水浸泡羊肉後，加入雞蛋和鹽泡製，再控乾水分。
複雜醃製法。羊肉切塊後，加入白酒、醬油、孜然粉、生薑粉、澱粉、花生油、精鹽和辣椒粉，抓勻後冷藏四小時以上。
牛奶洋蔥醃製法。將羊肉切塊，加入2勺牛奶和適量洋蔥碎醃製15分鐘，再加入鹽、糖、孜然粉、孜然顆粒、辣椒粉和白芝痲拌勻。
澱粉雞蛋醃製法。將切好的羊肉放入盆中，加入適量的澱粉和雞蛋清攪拌均勻。
香料水醃製法。使用香料水（如花椒、八角等熬製的水）攪拌羊肉塊，加入調料如精鹽、味素等。
以上方法均可根據個人口味進行調整和組合，創造出獨特的新疆烤羊肉串風味。