乘坐日本巴士時，首先要在車站等待巴士的到來，並在巴士的前方顯示路線號和終點站的名稱處確認路線和目的地。日本巴士通常有前、後兩個門，一般前門上，後門下，但也有相反的情況。
上車後，如果沒有售票員，乘客需要將準備好的零錢投入投幣式售票機（BOX）中，或者使用1000日圓紙幣在兌換機處兌換零錢。對於使用磁卡（如ICOCA、Suica）的巴士，可以直接刷卡上車並在下車時再次刷卡以計算費用。在車內，會有到站的語音提示，需要下車的乘客應按下停車按鈕，等待巴士停穩後再離開座位。下車時，再次支付車費，並準備好零錢。
此外，日本巴士的車內通常有電子顯示屏幕顯示站名和下一站信息，以及停車按鈕和付費區域。在車上時，應保持安靜，不要打電話或外放聲音。如果需要瞭解路線信息或時刻表，可以使用Google Maps等導航工具。對於高速巴士，可以直接到車站窗口購票並排隊上車。