《星漢燦爛》講述了少年將軍凌不疑，與父母長期征戰在外的"留守少女"程少商在無數次考驗中相伴成長，並攜手化解家國危機的故事。
程少商因戰亂自幼被父母留在祖母身邊，艱難度日，而後與同樣孤獨的男主凌不疑相識，共同經歷生死，彼此相依為命，慢慢走到彼此心裡。在困境中，程少商也通過與父母和解、逐漸獨立生活和堅守內心，成就了一個逐漸強大的程少商。最終，程少商和凌不疑為父母和家族平反，手刃仇人，實現了民族大義的故事。
此外，劇中也揭示了復仇的故事背景。因為家族的滅門慘案，凌不疑決定報仇雪恨，在經歷重重困難後，他終於發現了真兇，但此時的他已經深知復仇並不能換回逝去的人，也不能讓時間倒流，因此他選擇讓程少商來決定是否與自己一起執行最後的復仇計畫。最終他們選擇了放下仇恨，坦然面對生活。
總之，《星漢燦爛》主要講述了兩個孤獨的少年在面對家族仇恨、戰亂和家族的拋棄下，共同成長、相互救贖的故事。