《最終幻想9》的故事發生在奧魯巴卡德大陸，講述了一群人為了阻止巴哈姆特從沉睡中覺醒，與來自“希望之村”的少年約書亞等人的冒險故事。
遊戲中的主角是繼承了父親遺志的高中生約書亞，在旅途中成長為一名英雄的故事。在旅途中，約書亞結識了萊娜、巴哈姆特（獸人）、莫爾格瑪（龍）、菲因等人物，與他們一同展開拯救世界的冒險。同時，世界被分成幾個區域，每個區域都有不同的敵人、任務和Boss等待玩家挑戰。
因此，《最終幻想9》具有典型的高橋哲哉作品中“群像劇”和“冒險故事”的特點，注重角色間的互動和心理描繪，為玩家構建了一個豐富而立體的世界觀。