木瓜常見的病害包括：
鏽病：主要危害木瓜的幼葉、幼果、葉柄和新梢。症狀包括葉上出現枯黃色小點，後期擴大並變黑，組織加厚並向葉背隆起。鏽病以菌絲體在松柏菌癭中越冬，春雨後產生孢子傳播。病害輕重與松柏的數量和距離有關，防治方法包括選擇遠離松柏的地方種植，以及在展葉期和開花後期噴灑藥劑。
黑腐病：主要危害葉片，也可影響枝梢和果實。嫩葉上的病斑初期爲黃褐色小點，逐漸擴大成不規則斑塊，最終導致葉片腐爛。老葉上的病斑多從葉尖或葉緣開始，同樣導致葉片腐爛。果實上可能出現圓形或不規則的褐色病斑，後期有黑褐色黴層。防治方法包括科學施肥、清潔田園、適時藥劑防治。
白粉病：病原表生，危害葉片、葉柄、嫩莖及幼果，表面散生白色粉狀物，葉片出現淡黃綠色斑。發病適溫爲18～22℃，尤其在無雨季節發病嚴重。防治方法包括避免密植、注意通風透光，以及使用不同藥劑進行防治。
炭疽病：病原爲Glomerella lingulata和Gloeosporium papayae，幼果感染初期無明顯病徵，成熟轉黃後出現圓形水浸斑，繼而凹陷，出現粉紅色粘性孢子堆。葉柄上的病斑導致葉片提前乾枯。發病生態適宜溫度爲25～30℃，全年可發生，尤其在八至九月。防治方法包括收集並燒燬乾枯葉柄及病果，以及在開花期使用特定藥劑噴灑。
黑點病：病原爲Asperisporium caricae，首先在下位葉背面產生水浸小點，隨後形成不規則小黑點略突出下表皮，葉上表面出現灰白或褐色斑點。