梨黑星病的病原菌主要有兩種，分別是沖致班超課助梨黑星菌(Venturia pirina Ad erh)和納雪黑星菌(V.nashic標千松孔奏執ola Tanak et Yamamota)。
這兩種病原菌都屬於子囊菌門真菌，在形態和致病性方面都存在差異。納雪黑星菌的分生孢子及子囊孢子都顯著小於沖致班超課助梨黑星菌。沖致班超課助梨黑星菌主要侵害西洋梨，而納雪黑星菌則侵害中國秋子梨和日本梨。由於我國的梨黑星病菌有性、無性階段的形態特徵和其致病性均與納雪黑星菌相同，而與沖致班超課助梨黑星菌有顯著差異，故將我國的梨黑星病菌歸屬於納雪黑星菌。