水稻合理施肥應遵循以下原則：
根據土壤養分狀況控制氮磷肥用量，適當減少鉀肥用量，減少基櫱肥施氮量，拔節期穗肥施氮比例增加到30%，適當補充中微量元素，施用含鋅等微量元素肥料。
推薦有機無機結合，通過秸稈還田、施用有機肥等增加有機養分投入。
酸性土壤適當施用調酸作用的土壤調理劑或基施生石灰，磷肥選用鈣鎂磷肥等鹼性肥料。鹼性土壤基肥選用磷酸一銨等酸性肥料，追肥選用硫酸銨，少用或不用尿素。
有條件的地區推薦採用機插秧同步側深施肥技術，選用粒型整齊、硬度適宜、吸濕性較低的側深施肥專用肥料。
水稻不同生長階段對肥料的需求也不同，具體如下：
發芽期。需要大量氮和磷促進種子發芽和根系生長。
生長期。需要適量氮磷鉀肥，氮肥促進葉片生長，磷肥增強根系發育，鉀肥提高抗病性能和產量。
分櫱期。需要更多氮鉀肥，刺激分蘗和增加產量。
抽穗期。需要較高氮鉀肥，促進花粉生產和籽粒發育。
結實期。需要大量磷鉀肥，支持籽粒形成和成熟。
水稻施肥的具體建議如下：
磷肥(P2O5)用量2.5—4.5公斤/畝，鉀肥(K2O)用量3—6公斤/畝。氮肥用量因目標產量而異，產量水平500公斤/畝以下，氮肥(N)用量6—7公斤/畝；產量水平500—600公斤/畝，氮肥(N)用量7—8公斤/畝；產量水平600公斤/畝以上，氮肥(N)用量8—9公斤/畝。
氮肥基肥占30%—40%，櫱肥占30%—40%，穗肥占30%；有機肥與磷肥全部基施；鉀肥基肥占50%—60%，穗肥占40%—50%。
第一次分櫱肥選擇硫酸鋅1—2公斤/畝作為返青肥。