洞洞鞋發臭的原因主要是鞋子內部潮濕，這會導致細菌和真菌的滋生，從而產生臭味。洞洞鞋的材質也會影響其氣味，例如塑膠材質的洞洞鞋不透氣，容易積聚潮濕，產生異味；真皮材質的洞洞鞋透氣性較好，相對不易產生異味；人造革材質的洞洞鞋透氣性較差，容易產生異味。
為了去除洞洞鞋的臭味，可以採取以下方法：
使用白醋、酒精、竹炭、小蘇打或茶葉包等進行清潔和除味。
使用除臭劑、明礬、樟腦丸等物質進行除臭。
保持腳部的清潔衛生，定期清洗腳部。
在穿洞洞鞋時穿上棉襪，幫助吸汗。
此外，為了預防洞洞鞋發臭，可以定期將鞋子放在通風處晾曬，保持鞋子乾燥。如果腳部發臭且懷疑為真菌感染所致，應及時就醫。