海關總署的職責主要包括以下幾個方面：
負責全國海關工作：包括擬訂海關工作政策，起草相關法律法規草案，制定海關規劃、部門規章、相關技術規範。
組織推動口岸“大通關”建設：會同有關部門制定口岸管理規章制度，組織擬訂口岸發展規劃並協調實施，牽頭擬訂口岸安全聯合防控工作制度，協調開展口岸相關情報收集、風險分析研判和處置工作，協調口岸通關中各部門的工作關係，指導和協調地方政府口岸工作。
負責海關監管工作：制定進出境運輸工具、貨物和物品的監管制度並組織實施，承擔技術性貿易措施相關工作，依法執行進出口貿易管理政策，負責知識產權海關保護工作，負責海關標誌標識管理，組織實施海關管理環節的反恐、維穩、防擴散、出口管制等工作，制定加工貿易等保稅業務的海關監管制度並組織實施，牽頭審覈海關特殊監管區域的設立和調整。
負責進出口關稅及其他稅費徵收管理：擬訂徵管制度，制定進出口商品分類目錄並組織實施和解釋，牽頭開展多雙邊原產地規則對外談判，擬訂進出口商品原產地規則並依法負責簽證管理等組織實施工作，依法執行反傾銷和反補貼措施、保障措施及其他關稅措施。
負責出入境衛生檢疫、出入境動植物及其產品檢驗檢疫：收集分析境外疫情，組織實施口岸處置措施，承擔口岸突發公共衛生等應急事件的相關工作。
負責進出口商品法定檢驗：以及國家進出口貨物貿易等海關統計、全國打擊走私綜合治理工作、制定並組織實施海關科技發展規劃以及實驗室建設和技術保障規劃、海關領域國際合作與交流、垂直管理全國海關、完成黨中央國務院交辦的其他任務。