淮河污染的原因主要包括以下幾點：
水資源短缺。儘管淮河流域的水資源總量不算少，但由於人口密度大，人均水資源擁有量較低。
地方利益驅動。在追求經濟成長和GDP的過程中，一些地方政府未能正確處理經濟成長與環境保護的關係。
治污工程措施不力。淮河流域內污水處理廠的建設和運營嚴重滯後，生活排放的化學需氧量和氨氮占排放總量的較大比例。
產業結構不合理。淮河流域內重污染行業較多，工業污染是主要污染源之一。
面源污染嚴重。農田施用化肥、農藥及水土流失造成的氮、磷等污染是重要的污染源。
管理體制問題。淮河流域水資源管理體制尚未理順，環境管理分散，部門之間及區域之間的矛盾存在，相關法律法規不健全，監督執法力度不夠。
工業偷排污現象。部分工業企業為降低生產成本和追求利潤最大化，擅自關閉污水處理設施，偷排污水。
農村面源污染。農業生產中農藥、化肥的使用量很大，造成相對較重的污染。
城市生活污水排放增加。隨著城市化進程的加快，城市生活污水的排放量逐年增加，已成為影響淮河流質安全的重要因素。
水資源過度利用。導致水體自淨能力下降，污染物累積超出水體自淨能力，造成水質惡化。