深圳市內有多所知名大學的研究生院和研究院，其中包括：
清華大學深圳研究生院。成立於2001年，是清華大學在深圳的辦學機構，致力於高層次人才培養和科技創新。
北京大學深圳研究生院。與深圳市政府合作創辦，主要進行全日制研究生教育。
上海交通大學深圳研究院。是上海交通大學在華南地區的科技開發和人才培養基地。
廈門大學深圳研究院。經深圳市人民政府批準設立，是福建省外重要的產學研基地。
哈爾濱工業大學深圳研究生院。與深圳市政府合作，專注於培養研究生層次的人才。
南京大學深圳研究院。主要從事教育培訓和科技研究及開發工作。
深圳華中科技大學研究院。由華中科技大學和深圳市政府共建，涉及科技開發、成果轉化和人才培養。
中國科學院深圳理工大學（暫定名）。由中國科學院和深圳市人民政府共建，目標是成為世界一流的研究型大學。