清華大學設有21個學院，59個系。其中包括：
工學領域。建築學院、土木水利學院、環境學院、機械工程學院、航天航空學院、電機工程與套用電子技術系、信息科學技術學院、材料學院、理學院等。
醫學領域。醫學院、生物醫學工程系、基礎醫學系、臨床醫學院、藥學院等。
理學領域。理學院、數學科學系、物理系、化學系、地球系統科學系、天文系、生命科學學院等。
經濟管理領域。經濟管理學院、公共管理學院等。
法學領域。法學院、新聞與傳播學院等。
文學和藝術領域。美術學院、人文學院等。
此外，清華大學還設有高等研究院、交叉信息研究院等獨立研究機構。