船舶掛方便旗的原因主要包括以下幾點：
稅務和法律規避：一些國家允許外國人所有的船舶懸掛其旗幟，這樣外國船舶可以逃避本國的稅務和其他強制措施，節省成本，如較低的船舶登記費和船員工資。
管理逃避：船舶所有人可能希望隱匿所有權或規避納稅，以便在發生事故後可以逃離處罰。例如，如果一艘大油輪發生漏油事故，掛方便旗的國家可以避免直接負責，因為責任人難以確定。
勞工法限制：在已開發國家，勞工法和工會制度可能限制了船舶的運營。例如，如果遊輪註冊在美國，高級船員如船長必須是美國人，且大部分船員也必須是美國公民。懸掛方便旗可以為遊輪招募和配備船員提供方便，因為可以繞過這些國籍限制。
低成本的運營：方便旗國通常沒有嚴格的船員僱傭規定，或者規定較為寬鬆，使得船主可以在國外僱傭廉價船員，降低營運成本。
註冊便利：船隻可以在方便旗國註冊，手續相對簡便，不需要駕駛到該國檢查，只需向駐外領使館登記、繳稅，即可領到證件，掛起方便旗。
經濟利益：一些國家如賴比瑞亞對外國船公司及其股東不徵收所得稅，因此外國商船選擇在該國註冊可以帶來經濟利益。賴比瑞亞從外國商船的註冊費中獲得的國民生產總值約占8%。
儘管掛方便旗有上述好處，但也存在一些問題，如方便旗船失事較多，占到世界海損事故的一半左右，因為船旗國與船隻之間可能沒有「真正聯繫」，在發生問題時，方便旗的作用有限。聯合國多年來建議取消方便旗制度，但收效甚微。