《監獄學園》講述的是一所女子高中最近新招進了一批男體育老師，而學生們對於這些新鮮血液可是充滿了好奇和期待。在充滿青春氣息的體育課上，學生們與老師們之間漸漸培養出了微妙的感情，有時還會發生一些令人臉紅心跳的小故事。
不過，這部動漫的畫風卻突然一轉，原本美好的校園戀愛故事背景突然變得有些“奇怪”。在體育課的空當里，學生們居然被老師們誘騙到了體育倉庫，於是乎各種奇怪、甚至是太過分的“運動”就這么堂而皇之地展開了。 在這其中還夾雜著一些恐怖和懸疑的情節，像是宿舍神秘失蹤的舍友以及以此相關的失蹤案等。總的來說，《監獄學園》將一個少女心泛濫的戀愛喜劇展現得十分有趣和吸引人。