《碧血劍》的主線故事可以概括為以下幾個方面：
1. 主人公袁承志身世：他是在黃沙之下的堅毅不拔的碑文，在野史外一門孤軍撲滅仇家的復仇的連串決斗中揭曉的。他的父母親在他幼年時合謀暗算其父的仇敵金蛇郎君許當正，袁承志因此流落江湖，在長達數年的逃亡中，他結識了不同的人，學習了不同的武藝，最後在金陵藏寶洞中找到了自己的身世之謎。
2. 主人公袁承志的義氣與愛情：他與青宮白蛇傳中的長輩和朋友相遇，幫助他們抵抗惡勢力，他的名聲不斷傳播，並因此吸引了一些女子的愛情。其中一個是他相知相識、情投意合的夏青荷，但這段感情卻因為袁承志身負巨擔，有家難歸，最終只能以不告而別的方式遠走他鄉。
3. 與反派人物的糾葛：這部小說的主線也包含了袁承志與反派人物金蛇郎君許當正、九難太極門掌門費宮澤的恩恩怨怨。他們的性格迥異和性格的磨合都是一個深度的題材。
因此，《碧血劍》的故事是一個結合了親情、義氣、愛情和武俠的關係糾葛的故事，是一部關於自我尋找和身份認同的傳奇小說。