稽查局的主要職責和功能根據其所屬的領域有所不同，具體如下：
質量技術監督稽查局。負責查處違反質量技術監督法律、法規、規章的違法行為，如大案、要案和跨地區、跨省區的案件，依法實施行政處罰，指導、督促下級質量技術監督局的稽查工作，配合開展市場專項治理和特種設備的安全監察等。
稅務稽查局。稅務稽查局的主要職責是依法對納稅人、扣繳義務人和其他涉稅當事人履行納稅義務情況進行檢查處理，包括日常稅務檢查、發票協查、受理和查處民眾舉報的稅務違法案件，開展地方稅收專項檢查工作，依法實施稅務行政處罰、收繳應補稅款、罰款、滯納金等。