真細菌和古細菌雖然在分類上都屬於細菌，但在多箇方面存在顯著差異：
生存環境：真細菌通常生活在較爲常見的環境中，如土壤、水、空氣和人體等。相比之下，古細菌的生存環境往往是極端環境，例如高溫、高壓、高酸鹼度或高鹽度等。
細胞結構：真細菌的細胞壁主要由肽聚糖構成，而古細菌的細胞壁則由一種特殊的聚糖構成。這是兩者在細胞結構上的主要區別。
基因組：古細菌的基因組通常比較簡單，通常只有一箇單環的染色體。相比之下，真細菌的基因組更爲複雜，可能包含多箇染色體或線性的染色體。
綜上所述，真細菌和古細菌在生存環境、細胞結構和基因組等方面都有明顯的不同。