耕地佔用稅的計算方法是根據納稅人實際佔用的應稅土地面積（包括經批准佔用面積和未經批准佔用面積，以平方米爲單位）乘以當地適用的稅額來確定應納稅額。
耕地佔用稅的計稅公式爲“應納稅額=應稅土地面積×適用稅額”，其中，當地適用稅額由省、自治區、直轄市人民代表大會常務委員會決定，並適用於應稅土地所在地的縣級行政區。在特定情況下，如佔用的是基本農田，則可能按照法律規定加收一定比例的稅額。各地區的具體適用稅額標準有所不同，依據當地的經濟發展情況、人均耕地面積等因素確定。
此外，根據《耕地佔用稅法》及《實施辦法》的規定，某些項目如軍事設施、社會福利機構等可能享受免稅或減稅的優惠。